Workshop in Okinawa - HTSA2014

Some time ago I applied for a workshop in next generation sequencing data analysis taking place in Okinawa, of all places...

It turned out I was selected, together with other lucky applicants from Europe, Japan, south east Asia and Australia, and so I spent a week in a beautiful place, learning everything I didn't yet know on high throughput data analysis (that's just A LOT of data).

The course is held at the Okinawa Institute of Science and Technology (OIST), located a mere 20 min walk from a nice beach, in Onna region in the center of Okinawa main island. 

The institute sits on a hill, and views from its labs are simply breathtaking: emerald waters, waves crashing coral reefs, deep blue ocean in the far distance, lush vegetation. The main campus has a quite interesting architecture that mixes and blends Japanese style old stone brick castle walls with super modern structures, water fountains, ponds, airy walkways, all harmonized together via the use of natural and local materials. The entrance to the central building looks and feels like walking in a subway, then an elevator takes you up a few levels above the ground and that's when you realize you were in the heart of the hill. Sort of like some James Bond movies where the villain owns a villa with underground secret quarters. The annex lab buildings (a few more under construction) are connected to the main one via suspended bridges so that the whole institute looks like a terrestrial version of the Star Trek's Enterprise. Altogether, the institute is modern and international. Researchers out there seeking escape to a remote paradise, OIST is the place for you.

For one week we were tortured with hours and hours of R packages, functions, installations, and I could see in the face of those coming directly from the lab workbench the pain and suffering in understanding concepts that, for them, are definitely hard to grasp.

Other than the course, we tried to squeeze some play time in. My plan was, no need to say, hit the beach as soon as possible and as much as possible. Too bad that the week got framed at both ends by not one but two powerful typhoons, which caused a bit of a stir and changed the rules. Especially the second one, Vongfong (yellow bee, Chung translates), was regarded as the most powerful of this year, category: 'violent' (which to me translates into: one level below 'apocalypse'…). It was later downgraded to 'very strong', but remains scary due to its massive size (check the NASA images if you think I am exaggerating). Because of that the whole week's weather and our arrival/departure flight schedules were deeply affected. So deeply, in fact, that many of us couldn't complete the course due to an earlier return than planned (you can well call it evacuation). Those who, for one reason or another, couldn't leave before the airport closed, had the opportunity to experience something out of the ordinary. But no panic, just stay indoor is enough to keep safe. Vongfong is supposed to reach Tokyo area in a couple of days, and we are already prepared for it. A bit of extra support is welcomed, so wish us luck.

Concluding facts:

1- Air conditioning is a threat to a Sicilian. Being 10 hours per day in a room at 20 degrees is like hibernation. I caught a bug right on the first day, but I was simply ignoring the virus, refusing to fall ill. Late, once I set foot in the airplane, all the strength abandoned me and the symptoms took over.

2- Going to Okinawa for work just doesn't make sense. I mean, it should not happen. Unless your work involves sunbathing and diving, that is.

3- Mother Nature giveth and taketh as She pleases: two storms brought cloud, rain, wind and panic, but then a clear sky revealed a beautiful total lunar eclipse for us all to see.

4- Betting on birthdays works. It's statistics. 

5- If one can explain ZENBU (bioinformatics super webtool) without knowing what it is, than they can explain everything ("everything" as in translation of "zenbu" from Japanese).

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Qualche mese fa mi sono registrata per partecipare a un corso di aggiornamento sull'analisi di dati nientedimenoche a Okinawa....

Con mia sorpresa sono stata selezionata per partecipare, assieme ad altri fortunati volenterosi di imparare e provenienti da Australia, Asia, Europa, e così ho passato una settimana intera in un bellissimo posto cercando di imparare quello che non sapevo già su analisi di dati, un sacco di dati.

Il sito in cui tutto ciò avviene e' l'istituto di scienze e tecnologie di Okinawa (OIST), che si trova a una mera distanza di 20 minuti a piedi dalla spiaggia, nel bel mezzo dell'isola di Okinawa, area Onna.

L'istituto siede in cima a una collina da cui si gode una vista mozzafiato: mare cristallino, barriera corallina, l'oceano blu, vegetazione lussureggiante. Il campus possiede un'architettura interessante che mescola vecchio e nuovo, lo stile in pietra delle mura di difesa giapponesi con la più avanzata tecnologia, fontane, passerelle sospese e via discorrendo, il tutto armonizzato dall'uso di materiali naturali locali. 

L'ingresso principale al campus sembra un corridoio della metropolitana, mentre un ascensore porta al vero "piano terra", visto che si capisce solo dopo che la galleria d'ingresso e' scavata dentro la collina. Avete presente i film di James Bond dove ci sono ascensori a appartamenti segreti sotterranei? Ecco, lo stesso. I laboratori, di cui un paio ancora in costruzione, sono collegati al corpo principale da corridoi sospesi che fanno sembrare l'intero istituto una copia terrestre della nave spaziale Enterprise. Tutto considerato, l'istituto e' moderno e internazionale. Voi ricercatori che state complottando una fuga verso un paradiso remoto, OIST e' il posto che fa per voi.

Per una settimana ci hanno torturato per ore e ore con programmazione, funzioni, installazioni, e si vedeva chiaramente nell'espressione di quelli che provengono dal laboratorio tutta la sofferenza provata nel cercare di capire concetti difficili da afferrare.

Oltre che le lezioni, abbiamo cercato di includere qualche ora di relax. Il piano era ovviamente di andare in spiaggia, tuttavia la presenza di non uno bensì due tifoni hanno cambiato le regole del gioco. Soprattutto il secondo tifone, Vongfong (Chung mi dice che significa ape gialla), e' stato catalogato come il più potente dell'anno, categoria 'violento' (che per me equivale a dire: un gradino più in baso di 'apocalisse'…), più tardi abbassato a 'serio' ma comunque sempre abbastanza terrorizzante per via della sua estensione (andatevi a cercare le foto della NASA se non ci credete). A causa sua, il tempo dell'intera settimana e anche gli orari di arrivo/partenza dei voli sono stati condizionati drasticamente, al punto che molti di noi non hanno completato il corso perché siamo stati evacuati dall'isola per via precauzionale. Quelli che per un motivo o l'altro non sono riusciti a ripartire prima della chiusura dell'aeroporto hanno vissuto un'esperienza fuori dall'ordinario. Ma niente paura, basta stare chiusi al riparo e non succede nulla di serio. Il tifone dovrebbe raggiungere l'area di Tokyo tra un paio di giorni, e noi siamo già preparati, ma visto che un po' più di sostegno e' sempre benvenuto, augurateci buona fortuna.

Per concludere:

1- L'aria condizionata e' una minaccia per i siciliani. Trovarsi per 10 ore al giorno in una stanza con temperatura a 20 gradi e' lo stesso che farsi ibernare. Mi sono ammalata praticamente subito, ma ho semplicemente ignorato il virus e ho rifiutato di ammalarmi. Dopo, in aereo, le mie difese sono crollate.

2- Andare a Okinawa per lavoro non va bene. Voglio dire, non dovrebbe succedere. A parte se il lavoro e' del tipo che prevede abbronzatura e immersioni, ecco.

3- Madre natura da' e prende a piacere: due tifoni hanno portato pioggia, vento e panico, ma anche un cielo limpido in tempo per regalarci una bella vista dell'eclisse di luna.

4- Scommettere sulle date di nascita funziona. E' tutta statistica.

5- Se uno riesce a spiegare ZENBU (un super webtool per la bioinformatica) senza sapere cos'e', allora può spiegare tutto ("tutto" e' anche la traduzione di "zenbu" dal giapponese).